Έχουν περάσει τέσσερα χρόνια από τα γεγονότα της προηγούμενης ταινίας. Η εταιρεία ΙnGen αλλάζει διευθυντή και ο νέος διευθυντής της είναι ο ανιψιός του Τζον Χάμοντ,ο Πίτερ Λάντλοου.Πίτερ Λάντλοου σκέφτηκε να μεταφέρει τους δεινόσαυρους από το νησί και να τους "κλειδώσει" στα νέα τους κλουβιά στο Σαν Ντιέγκο. Για τον σκοπό αυτό προσλαμβάνει μια ομάδα με επικεφαλής της τον ίδιο, με στόχο να πάνε στο νησί, να βρουν και να αιχμαλωτίσουν δεινόσαυρους. Όταν το μαθαίνει αυτό ο Τζον Χάμοντ αποφασίζει να στείλει μια δική του ομάδα στο νησί αυτό, με επικεφαλής τον Ίαν Μάλκολμ, με στόχο να σταματήσει αυτές τις ενέργειες του ανιψιού του. Ωστόσο στην πορεία, η ομάδα του Ιαν Μάλκολμ θα πρέπει να συνεργαστεί με την αντίπαλη ομάδα αν θέλουν να επιβιώσουν