Η Ιαπωνία επιτέλους βρίσκεται ενωμένη κάτω απο την κυβέρνηση του Nobunaga, ωστόσο ο Mitsushide Akechi συνομωτεί εναντίον του και τον σκοτώνει. Το αποτέλεσμα η διακυβέρνηση της χώρας περνάει στα χέρια του Hideysohi Τoyotomi. 15 χρόνια μετά ο Toyotomi θέλει να ξεκινήσει νέους πολέμους για την Ιαπωνία και να επιτεθεί σε χώρες πέρα απο τη θάλασσα. Ενώ γίνονται όλα αυτά ο Goemon περνάει την ώρα του κλέβοντας και διασκεδάζοντας χωρίς να ενδιαφέρεται για αυτά τα θέματα όσπου μια μέρα κλέβει το κουτί της Πανδώρας. Έλα όμως που το θέλει και ο Toyotomi και στέλνει τους ανθρώπουςς να το πάρουν, έτσι ξεκινάει και η περιπέτεια του Goemon και όσο περνάει η ώρα μαθαίνουμε όλο και περισότερα γι αυτόν. Για την σύληψη του επιστρατεύεται ο 2ος καλύτερος Shinobi του παλατιού, ο Shaizou οποίος φαίνετε να έχει μια ιδιαίτερη σχέση με τον πρωταγωνιστή μας. Τελικά ο Goemon δεν είναι ένας απλός ληστής αλλά ο shinobi του Nobunaga και προστάτης της πριγκίπισσας Chacha, η οποία κρατείτε στο παλάτι του Toyotomi. Θα μπορέσουν όλοι αυτοί οι χαρακτήρες να σταματήσουν τον Toyotomi πριν ξεκινήσει τον πόλεμο;