Στον νέο κόσμο των TMNT οι Χελώνες Νίντζα δεν περιορίζονται μόνο στους υπονόμους αλλά ζουν περιπέτειες τόσο πάνω όσο και κάτω από την επιφάνια του εδάφους. Στην Νέα Υόρκη συμβαίνουν περίεργα γεγονότα ενώ μια περίεργη συναστρία και η εμφάνιση κάποιων περίεργων πλασμάτων δημιουργεί ερωτηματικά. Η πόλη χρειάζεται τις Χελώνες περισσότερο από ποτέ. Με τον Leonardo να λείπει σε ειδική εκπαίδευση, η παρέα πρέπει να πολεμήσει ξεχωριστά μέχρι την επανένωση και την δυνατότητα της συνεργασίας με ειδικές τεχνικές μάχης. Χαρακτηριστικά To παιχνίδι θα ακολουθεί την ιστορία της ταινίας με τα ίδια περιβάλλοντα. Οι 4 προσωπικότητες των χελωνών Leonardo, Raphael, Donatello και Michelangelo παρουσιάζονται με μοναδικές ικανότητες στην μάχη και ακροβατικές κινήσεις. Το παιχνίδι ξεκινά με έναν μόνο χαρακτήρα και στην συνέχεια σμίγει με τους υπόλοιπους της ομάδας παρέχοντας την δυνατότητα ακόμη και για μάχη με συνεργασία κινήσεων. Αντιμετωπίστε διαφορετικούς εχθρούς και αρχηγούς που συμπεριλαμβάνουν τόσο τους αντιπάλους στην ταινία όσο και κλασικούς εχθρούς από τα κόμικς. Ακροβατικά άλματα από ταράτσες, σκαρφάλωμα σε κτήρια, τσουλήθρα σε σωλήνες και υπόνομους πετάγματα με όπλα nunchuck και ένα πολλές ακόμη εντυπωσιακές κινήσεις.