Εγκαταλελειμμένα από τον πατέρα τους όταν ήταν παιδιά, δύο νεαρά αδέλφια, ο Edward και ο Alphonse Elric ζούσαν με τη μητέρα τους σε μια μικρή πόλη που ονομαζόταν Resembool. Αφού χάνουν τη μητέρα τους από μια ανίατη ασθένεια, προσπαθούν να την αναστήσουν χρησιμοποιώντας την αλχημεία - μια επιστήμη που επιτρέπει τη μετατροπή της φυσικής ύλης από τη μια μορφή στην άλλη. Ωστόσο, η ανθρώπινη μεταστοιχείωση απαγορεύεται αυστηρά, καθώς δεν μπορεί να πραγματοποιηθεί με επιτυχία. Η ανάσταση της μητέρας τους απέτυχε με αποτέλεσμα ο Edward να χάσει το αριστερό του πόδι και ο Alphonse ολόκληρο το σώμα του. Ο Edward καταφέρνει να σώσει την ψυχή του Alphonse συνδέοντάς την με μια πανοπλία θυσιάζοντας το δεξί του χέρι. Αποφασισμένος να ανακτήσει τα σώματά τους, ο Edward κατατάσσεται στο στρατό ως κρατικός αλχημιστής και τα αδέλφια αρχίζουν την αναζήτηση της φιλοσοφικής λίθου. Κατά τη διάρκεια του ταξιδιού τους ανακαλύπτουν την αλήθεια για την ιστορία της χώρας και τη συνωμοσία στα ανώτερα επίπεδα του στρατού και αναλαμβάνουν να σώσουν το μέλλον της χώρας.