Το 2015, 15 χρόνια μετά την τεράστια καταστροφή που σκότωσε τον μισό παγκόσμιο πληθυσμό, μια άλλη κρίση έχει έρθει - οι άγνωστοι εισβολείς που ονομάζονται «Άγγελοι» αρχίζουν να επιτίθενται στο ανθρώπινο είδος. Όλα τα όπλα τους είναι άχρηστα ενάντια στο λεγόμενο «Απόλυτο Πεδίο Τρόμου». Αλλά τώρα η ανθρωπότητα δημιούργησε μια εξαίρεση, το απόλυτο πολυδύναμο ανθρωποειδές όπλο «Evangelion». Για να λειτουργήσει αυτή η εξαίρεση χρειάζεται το μυαλό των «Παιδιών», 14χρονων ανηλίκων. Ο Shinji Ikari, ο μοναχογιός του αρχηγού της ομάδας που διαχειρίζεται το Evangelion, επιλέγεται ως το τρίτο από τα «Παιδιά»...!