Τα μέλη του πληρώματος του Enterprise μοιράζονται στιγμές χαράς καθώς δύο από αυτά, ο Riker (Jonathan Frakes) και η Troi (Marina Sirtis) παντρεύονται. Κι ενώ το Enterprise οδεύει προς το μέρος όπου θα περάσουν το μήνα του μέλιτος, λαμβάνει σήμα από έναν άγνωστο πλανήτη στη ζώνη της εχθρικής προς τη Δημοκρατία αυτοκρατορίας των Romulans. H αποβίβαση στον ξένο πλανήτη θα οδηγήσει στην ανακάλυψη του δίδυμου ανδροειδούς του Data (Brent Spiner), του Β4 που αποτελεί το πρωτότυπο μοντέλο και είναι αισθητά κατώτερης νοημοσύνης. Οι εκπλήξεις αναμένεται να συνεχιστούν όταν το πλήρωμα του Enterprise θα φτάσει στον πλανήτη Romulus όπου θα συναντήσει ένα νέο ηγέτη, τον Shinzon (Tom Hardy) που φαίνεται πως επιδιώκει την ειρήνη με τη Δημοκρατία. Ο διοικητής του Enterprise Jean-Luc Picard (Patrick Stewart) θα έρθει αντιμέτωπος με τον καθρέφτη του εαυτού του όταν θα διαπιστώσει πως ο Shinzon είναι ο κλώνος του. Ένα ψυχολογικό παιχνίδι θα τεθεί σε εφαρμογή από τον Shinzon με απώτερο σκοπό την καταστροφή του Enterprise αλλά και ολόκληρης της Γης.