Είναι 1954 και ο Αμερικανός πράκτορας Teddy Daniels έχει αναλάβει να διερευνήσει την εξαφάνιση μίας ασθενούς από το νοσοκομείο του Ashecliffe στο Shutter Island της Βοστόνης. Έχει αναλάβει την αποστολή στο νησί για προσωπικούς λόγους, αλλά πολύ σύντομα αναρωτιέται αν έχει πάει εκεί ως μέρος μιας συνωμοσίας από τους γιατρούς του νοσοκομείου, των οποίων οι ριζοσπαστικές θεραπείες κυμαίνονται από ανήθικες έως παράνομες. Οι ικανότητες του Teddy σύντομα αποφέρουν ένα πολλά υποσχόμενο στοιχείο, αλλά το νοσοκομείο αρνείται να του δώσει πρόσβαση σε αρχεία που υποτίθεται ότι θα λύσουν την υπόθεση. Καθώς ένας τυφώνας διακόπτει την επικοινωνία με την ηπειρωτική χώρα, περισσότεροι επικίνδυνοι εγκληματίες διαφεύγουν λόγω της σύγχυσης και οι αινιγματικές, απίθανες ενδείξεις πολλαπλασιάζονται. Σιγά σιγά ο Teddy αρχίζει να αμφιβάλλει για τα πάντα - τη μνήμη του, τον συνεργάτη του, ακόμα και τη λογική του